Nature BME:一种未检测到RNA和DNA脱靶突变的肝细胞内胞苷脱氧核糖核酸编辑方法

2021-11-29 03:12:32 来源:
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相当大一部分遗传病是由单核苷酸甲基化惹来的,这种甲基化有可能被RNA可编程脱吡啶酶(被称为胺基酸总编器(BEs))当作为抗肿瘤。BEs通过核酸和肌苷上端产物,通过丝吡啶酸DNA酪吡啶酸碱基或核糖脱吡啶酶,使单个C·G到T·A或A·T到G·C胺基酸对转成,这些酶与催化受损的Cas9融合。 这些胺基酸对类比法理于单链DNA撕裂或遗传基因定向修复,并且都能在细胞分裂后民间小组织中亦会在细胞内来进行有效地总编。最近的胃科学研究表明,胞苷胺基酸总编(CBEs)可以在细胞核中亦会惹来在在个sgRNA法理等位基因表达小组的较广脱靶甲基化,在正向多能胚胎核和细胞核期胚胎中亦会惹来数百个正因如此原核生物的脱靶甲基化。总之,这些资料表明,CBE的传达可能亦会对患儿的运用于随之而来较大的风险,本文指标细胞内体民间小组织中亦会碱基胺基酸总编检视过程中亦会的脱靶现像,并创建一种使CBE传达持续时间最小化的传递信息作法。

为了指标CBEs在细胞内的非抑制剂脱吡啶关键作用,本文重点科学研究了Pahenu2血清尿症数学模型,该数学模型可以通过AAV内皮细胞的金黄色细菌性(Sa)KKH–CBE3系统会转至血清肾脏来治愈。运用于于双AAV-intein分裂系统会将其系统会扩展Pahenu2血清中亦会,以忽视肽链中亦会惹来疾病的T-to-C甲基化。首先运用于于RNADNA指标等位基因表达小组范围的脱靶去吡啶关键作用。将传达SaKKH–CBE3的真核生物转染到HEK293T细胞核中亦会造成平均39000个C-to-U类比。为了确定在胃内碱基胺基酸总编检视过程中亦会应该再次发生类似的等位基因表达小组范围的脱靶甲基化率,运用于于AAV8将SaKKH–CBE3系统会化扩展Pahenu2血清。8再一,当AAV适配的大豆传达达到峰值时,从肾脏提取RNA,并运用于于RNA多肽分析。尽管注意到到23%的抗肿瘤总编,与未检视的对应小组相比,等位基因表达小组范围的C-to-U类比没上升。

碱基总编必需再次发生在检视过的HEK293T细胞核中亦会ACW的类似APOBEC原则上多肽内,但在检视过的血清肾脏中亦会不再次发生。寻常的是,当比较不同抽样中亦会的SaKKH-CBE3传达时,注意到到HEK293T细胞核的等位基因表达总体比肾脏极好三个数量级。为了科学研究CBE过度传达应该与胃极好非抗肿瘤总编再次肥胖率就其,将低静脉注射的SaKKH-CBE3 mRNA和sgRNA转染到含有Pahenu2等位突变肽链7的HEK293T和Hepa细胞核中亦会。与真核生物转染相比,CBE传达减小了18倍,在抗肿瘤总编时延续了63%,但显著减小了RNA脱靶甲基化。

紧接著指标了AAV内皮细胞的将SaKKH–CBE3导入Pahenu2血清应该亦会造成原核生物DNA的脱靶总编。在先当年的科学研究中亦会没断定在预测的非靶等位突变上有sgRNA一般来说甲基化,但在民间小组织的胺基酸总编检视过程中亦会应该再次发生随机的非sgRNA一般来说非靶等位基因甲基化仍不清楚。每个细胞核的这些甲基化是不同的,不能用细胞核中亦会大量DNA的正因如此原核生物DNA来监测。从经疗法和予以疗法的对应血清中亦会分离出来胃细胞核,并在DNA当年将其他的团队增量为化学正向的胃祖细胞核(CLiP)。都能获得S的他的团队DNA,从予以检视的对应两栖动物中亦会并不需要了3个他的团队,从AAV检视的两栖动物中亦会并不需要了11个他的团队,并在30×占有率的S要能核苷酸来进行了确认总编。AAV内皮细胞的SaKKH–CBE3传达转至肾脏后,不亦会造成胃细胞核对RNA和原核生物DNA的大量脱靶脱吡啶关键作用。

对总编血清的Pahenu2等位基因的进一步分析说明了,由于对侧DNA链同时来进行刻痕和胺基酸开刀修复,SaKKH–CBE3传达造成靶等位基因频繁呈现出indel。为了减小indel的呈现出,用核酸酶死亡的SaKKH–CBE2和Gam–SaKKH–CBE4交换了SaKKH–CBE3,这是第四代BE,其中亦会噬菌体Mu衍生的Gam蛋白与单链DNA撕裂的混合被忽视可以减小indel的呈现出、。然而,尽管SaKKH–CBE2和Gam–SaKKH–CBE4造成极少的indels。

紧接著分析了LNP内皮细胞的肾脏胺基酸总编应该亦会造成RNA或DNA的脱靶脱吡啶。考虑到这种作法只造成SaKKH–CBE3的定时传达,注射3毫克/千克的静脉注射后48不间断来进行了RNA多肽分析。重要的是,断定CBE传达总体在内源性mAPOBEC1的范围内,与予以疗法的对应小组相比,不亦会造成C-U类比上升。此外,碱基总编并不必需再次发生在类似的APOBEC深思熟虑多肽中亦会。LNP给药物一个月后,SaKKH–CBE3传达完正因如此消失,绝不那时候,再次没注意到到C-to-U脱靶甲基化。为了进一步指标LNP内皮细胞的SaKKH–CBE3传递信息应该造成原核生物DNA的脱靶去吡啶关键作用,首先运用于于极好通量DNA(HTS)(>10000×占有率)分析了量化预测的脱靶loci。注意到到这些核苷酸没极好于背景总体的C-to-T转成。紧接著重点科学研究sgRNA非一般来说脱靶甲基化,并在疗法一个月后分离出来胃细胞核来进行他的团队增量。利用LNP内皮细胞的SaKKH-CBE3 mRNA和化学修饰的sgRNA的胺基酸总编都能录入疾病性状,而不亦会在等位基因表达小组和原核生物上监测到脱靶去吡啶关键作用。

本文研发了一种非病毒和年中的胺基酸总编作法来疗法单等位基因胃病,没明显的脱靶现像。带有极极好的诊断当年景。

Villiger, L., Rothgangl, T., Witzigmann, D. et al. In vivo cytidine base editing of hepatocytes without detectable off-target mutations in RNA and DNA. Nat Biomed Eng 5, 179–189 (2021).

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